ไลโซโซม มีหน้าที่สำคัญ คือ
1.ย่อยสลายอนุภาค และโมเลกุลของสารอาหาร ภายในเซลล์
2.ย่อย หรือทำลายเชื้อโรค และสิ่งแปลกปลอมต่างๆ ที่เข้าสู่ร่างกายหรือเซลล์ เช่น
เซลล์เม็ดเลือดขาวกิน และย่อยสลายเซลล์แบคทีเรีย
ทำลายเซลล์ที่ตายแล้ว หรือเซลล์ที่มีอายุมาก โดยเยื่อของไลโซโซม จะฉีกขาดได้ง่าย
แล้วปล่อยเอนไซม์ออกมา ย่อยสลายเซลล์ดังกล่าว
3.ย่อยสลายโครงสร้างต่างๆ ของเซลล์ ์ในระยะที่เซลล์มีการเปลี่ยนแปลง และมีเมตามอร์โฟซีส
(metamorphosis) เช่น ในเซลล์ส่วนหางของลูกอ๊อด
ไลโซโซม แบ่งออกเป็น 4 ชนิด
1.ไลโซโซมระยะแรก (primary lysosome) มีน้ำย่อยที่สังเคราะห
์มาจากไรโบโซม และเก็บไว้ในกอลจิบอดี แล้วหลุดออกมาเป็นถุง
2.ไลโซโซมระยะที่ 2 (secondary lysosome) เกิดจากไลโซโซมระยะแรก รวมตัวกับสิ่งแปลกปลอม
ที่เข้ามาในเซลล์ โดยวิธีฟาโกไซโตซิส (phagocytic) หรือ พิโนไซโตซิส (phagocytosis)
แล้วมีการย่อยต่อไป
3.เรซิดวล บอดี (residual body) เป็นส่วนที่เกิดจากการย่อยอาหาร ในไลโซโซมระยะที่สองไม่สมบูรณ์
มีกากอาหารเหลืออยู่ ในเซลล์บางชนิด เช่น อะมีบา โปรโตซัว จะขับกากอาหารออก ทางเยื่อหุ้มเซลล์
โดยวิธีเอกโซไซโตซิส (exocytosis) หรือในเซลล์บางชนิด อาจสะสมไว้เป็นเวลานาน
ซึ่งสามารถใช้บอกอายุของเซลล์ได้ เช่น รงควัตถุที่สะสมไว ้ในเซลล์ประสาท ของสัตว์ที่มีอายุมาก
4.ออโตฟาจิก แวคิวโอ หรือ ออโตฟาโกโซม (autophagic vacuole or autophagosome)
เป็นไลโซโซม ที่เกิดในกรณีพิเศษ เนื่องจากกินส่วนต่างๆ ของเซลล์ตัวเอง เช่น ไมโตคอนเดรีย
ร่างแหเอนโดปลาสซึม พบมากในเซลล์ตับ